A CISCEA é uma Organização do Comando da Aeronáutica, subordinada ao Departamento de Controle do Espaço Aéreo (DECEA), que foi criada em 1980 com o objetivo de elaborar concepções, estudos, especificações, voltados ao desenvolvimento de tecnologia e equipamentos, aquisições, desapropriações, construções, instalações elétricas e atividades decorrentes e correlatas, necessárias à implantação de um determinado sistema no âmbito do SISCEAB (Sistema de Controle do Espaço Aéreo Brasileiro).
Assim, a CISCEA foi responsável pela implantação dos equipamentos de auxílio à navegação aérea, telecomunicações aeronáuticas, meteorologia, vigilância e busca e salvamento e pela implantação dos Centros Integrados de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aéreo (CINDACTA) e dos Centros de Controle de Aproximação (APP), bem como de todo o suporte logístico, de infraestrutura de obras e de ações sociais de apoio ao homem.
No início de 1992, em decorrência da sua experiência em implantar sistemas complexos e de alta tecnologia, a CISCEA foi incumbida de elaborar os projetos básicos e implementar o Projeto de Implantação do Sistema de Vigilância da Amazônia (SIVAM), compartilhando sua estrutura com outra Comissão, a CCSIVAM, criada para este fim.
Com o objetivo de contribuir para a proteção da Amazônia Legal brasileira de pressões ao meio ambiente e do exercício de atividades ilícitas, o SIVAM abrangeu áreas que iam desde o monitoramento de queimadas à qualidade das águas da Região Amazônica, tendo imensas aplicações civis e militares.
Hoje, a CISCEA dedica-se a manter em permanente estado de atualização o SISCEAB, planejando, construindo, implantando, atualizando e revitalizando os ativos de vigilância, o controle do espaçoo aéreo e a proteção ao voo em todo o território nacional, ajustando-o às mais modernas tecnologias e atendendo à sempre crescente demanda do tráfego aáreo nacional e internacional.
Em meio aos constantes desafios, a CISCEA atualmente é responsável pela implementação de uma Parceria Público Privada, explorando uma nova alternativa para a implementação de suas atividades no apoio ao controle do espaço aéreo, com objetivo de atingir maior eficiência e eficácia na Gestão da Rede de Comunicação Integrada do COMAER.